Los comentarios en los feeds son para “tus amigos” o contactos de tu cuenta de google, tu quieres que tus amigos vean algo y lo compartes poniendo una nota (como cuando envias un feed por correo electronico a un amigo para que lo vea) y asi el te puede responder algo (como lo haria por correo) pero ahi lo puedes hacer en grupo.

Si quiero decirle algo al autor del post, me voy al blog pero para tener una conversacion con mis contactos solo quiero que lo vean ellos, si quisiera que lo lea cualquiera lo hago en el blog.

Son distintos conceptos y no son incompatibles ni se pisan entre si. Comentar en un blog es algo publico para to el mundo y hacerlo por greader es algo para tus contactos que nadie tiene porque saber lo que hablo sobre X tema que no sean gente de mis contactos.

En Google Reader la cosa es bastante diferente.

Dicho esto, todavía no he usado dicha característica porque me acabo de enterar que existe. Pero vamos, si es como dices en un principio me parece positivo.